Em caso de não haver indícios suficientes para a instauração imediata do PAR, será feito um procedimento preliminar e, caso sejam levantadas suspeitas de irregularidades, o processo será aberto. Essa investigação preliminar será sigilosa e não punitiva e não poderá exceder a 30 dias.No caso do PAR, o prazo máximo para sua conclusão é de 180 dias.
Alguns fatos serão considerados agravantes, como irregularidades em contratos acima de R$ 1 milhão, propinas ou vantagens que ultrapassem a R$ 300 mil e atos lesivos praticados contra a Secretaria da Fazenda e que envolvam as áreas da saúde, educação, assistência social e segurança pública. Durante as investigações, o controlador-geral poderá indicar e requisitar servidores concursados dos órgãos ou entidades envolvidas na ocorrência para compor a comissão. Nesse caso, o funcionário não poderá recusar a indicação.
O decreto estabelece ainda a celebração de um acordo de leniência, em que a empresa infratora poderá participar da investigação com o objetivo de reparar o erro. Diante de indícios de graves prejuízos para a administração pública, a Controladoria-Geral do Estado (CGE) poderá determinar a suspensão de procedimentos licitatórios, contratos ou outros atos até a conclusão das investigações. O texto determina também que qualquer denúncia enviada aos órgão ou entidades públicas deverão ser comunicadas à CGE no prazo máximo de 10 dias.
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